По моему в правилах сказано, что точка магазина должна стоять там где вывеска или вход, а входы как отдельный атрибут в крайнем случае указывать
Входы это сущность из справочника, в наших правилах про них вообще не было. Там входы упоминались, которые подъездами делали. А точки, насколько я помню не где вывеска или вход, а ближе к входу, как раз чтобы вело правильно. Но если вход указан в справочнике, то местоположение точки уже должно быть не критично. Тем более пересекаться точки не должны, особенно если через один вход в несколько магазинов входят.