Жека Кутенко
через web-менеджер пакетов, ssh. Или еще как-то можно?
Ну если через SSH, то можно использовать команду purge, как выше написали, для удаления всех конфигов, которые удаляемая программа использовала и потом подчистить ненужные данные командой autoremove.
Через веб-интерфейс - хз, как оно там удаляет)