Это разве у любого заказчика можно так делать? И он будет платить без ндс?

Если Вы работаете без НДС то заявляете сумма без НДС подтверждая Вашу систему налогооблажения.
Заказчик оценивает цену заявку с учетом всех сборов и налогов, ему без разницы сумма заявки с ндс или без ндс его интересует общая сумма заявки, т.е. его интересуют более выгодное предложение с учетом всех затрат.
Но это д.б. прописано в документации о закупке.
Допустим при НМЦ закупки в 100 т.р. с учетом всех сборов и налогов один участник подает заявку на сумму 95 т.р. с ндс, а второй 94 т.р. без ндс, вторая заявка в 94 т.р. будет выгодна для Заказчика.

Так по 223  по другому.

В моих договорах прописана сумма договора с учетом всех налогов и сборов в том числе ндс составляет... (с Исполнителями работающие с НДС).

Пример :
При изменении НДС с 01.01.2019 с 18 до 20% сумма договора не менялась, т.к. сумма договора включает все налоги и она окончательная и с Исполнителями работающими с НДС заключили ДС где сумма без НДС изменилась, сумма НДС тоже, но общая сумма осталась прежняя😊

Как по другому?

Они иногда просят указывать цену и отдельно ндс

Ну это у Вас.
А у меня некоторые заказчики по 223 увеличивали сумму договора  с 01.01.2019, когда ндс 20% стал.
Да и по 223 бывает, что заказчик при определении победителя сравнивает цену без ндс.

В заявке?

Ищите свои косяки в заявке. Срок действия документов, квалификация..

В нашей документации о закупке прописано:
Цена договора (цена лота) включает в себя стоимость всех затрат подрядчика, исполнителя необходимых для поставки товара, выполнения работ, оказания услуг, указанных в документации о закупке (Техническое задание) и проекте договора, с учетом расходов на перевозку, страхование, уплату таможенных пошлин, а также все налоги и сборы, обязанность по уплате которых возникает у подрядчика, исполнителя при исполнении условий, предусмотренных проектом договора. Цена заявки на участие в закупке должна включать все затраты участника закупки, связанные с обязательствами по поставке товаров, выполнению всех видов работ и услуг по закупке, а также уплату всех налогов, пошлин и сборов, предусмотренных законодательством Российской Федерации, в том числе НДС.

В самой заявке участник указывает:
Участник закупки применяет / не применяет (необходимо выбрать) упрощенную систему налогообложения.

В форме Расчет цены договора (цены лота) указывается:
Стоимость объекта без НДС
Ставка НДС, %
Сумма НДС
Стоимость объекта (с учетом НДС)

Далее при подаче заявки на площадке Ваша сумма заявки д.б. такая же как в форме Расчет цены договора

По 223 сумма контракта может быть разный в зависимости от системы участника. А в 44 сумма не зависит от НДС.

Вам повезло

Надо смотреть как прописано в договоре, есть нюансы, сейчас не помню точные формулировки.
Мы так же увеличили по некоторым договорам где было прописана сумма договора без ндс и отдельно ндс это закупки с ЕП

44 фз не знаю

Если участник работает без НДС то он первичку выставляет без НДС и в договоре прописывается не облагается НДС

Да. Но и денег он получает без НДС.

Все верно
При оценке заявок Заказчик оценивает окончательную цену заявки

По 44 ФЗ цена контракта не изменится хоть вы с НДС хоть без НДС

Без учёта НДС. То есть заказчик оценку делает цены без НДС.

Верно. А по 223 изменится. Поэтому по 44 выгодно идти без НДС а по 223 с НДС.

тогда в нмц д.б. прописано без НДС

Но когда заявляется участник работающий с НДС то сумма договора увеличивается на сумму НДС, а зачем Заказчику нести дополнительные расходы?

Нмцк указывается с НДС