Ваш бухгалтер все равно сформирует счёт-фактуру, включит ее в книгу продаж, так как для вас это облагаемая операция. Отдадите вы ее заказчику или нет ему, может, и не важно. При этом часто в контрактах пишут про счет-фактуру как сопроводительный документ. В этом случае Вам могут и не платить до передачи полного пакета, предусмотренного контрактом. Поэтому либо посмотрите контракт, либо просто отдайте не вникая