Осуществление закупок малого объема через ЭМ это право Заказчика. Так что раз заключились на бумаге, товар приняли, то и оплачивайте спокойно. Если заводить в ЭМ эту закупку, то соответственно условия поменяются и ещё не факт, что ваш поставщик будет с лучшим предложением.
Если договор заносить в ЭМ, ничего, что договор, счёт фактура и товарная накладная были подписаны в допустим в январе, а только сейчас это заносить в ЭМ. Заказчик не может заключать договора не занося их на площадку