Формально можно просто закрыть, потому как допник заключённый вне сроков ничтожен.
И смотря что, прописано в окончании срока действия договора. Прекращает он обязательства или нет.
Если просто закрыть галочкой, то деньги останутся прихваченными в системе учёта БО.
Автоматически на моей памяти они не высвобождаются.
И контракт по-прежнему будет исполненным в части, согласно информации об исполнении, замучаются объяснять КО по чему так.