Обязаны списать, это не право заказчика, а вот вычитать из суммы оплаты не имеете права.
Цена контракта является твёрдой и определяется на весь срок. Ст. 34. С чего вы взяли, что пени можно вычитать из суммы оплаты? В законе такой оговорки нет.
Не совсем с Вами согласна. Пени списываются при условии подтверждения расчёта Поставщиком. И в случае наличия условия в контракте о возможности уменьшения цены на сумму пени, оплату можно произвести за вычетом неустойки, при желании судебную практику можно найти