По второй ссылке написано, что списываются при выполнении подпункта «а», а вы утверждаете обратное.
2. Списание начисленных и неуплаченных сумм неустоек (штрафов, пеней) осуществляется по контрактам, обязательства по которым исполнены в полном объеме, ЗА ИСКЛЮЧЕНИЕМ КОНТРАКТОВ, ПО КОТОРЫМ:
а) в 2015, 2016 и 2020 годах изменены по соглашению сторон условия о сроке исполнения контракта, и (или) цене контракта, и (или) цене единицы товара, работы, услуги, и (или) количестве товаров, объеме работ, услуг, предусмотренных контрактами;