Строго говоря все обязанности прописаны в контракте, но могут быть нюансы. Выставить претензию- обязанность Заказчика. Но бывает что нарушение не очевидно или поставщик не согласен с ним, в таком случае процесс может быть затянут. Не вижу чтобы способ удержания неустойки был обязательным именно в том виде, как указано в контракте, потому что добровольное погашение это право поставщика, не принять его, настаивая на удержания из ОИК, для заказчика не принципиальный вопрос. К тому всегда есть право обратиться в суд. Указание способа взыскания освобождает стороны от лишних проблем, но может использоваться и другой. Таким образом, склоняюсь что это всё таки право сторон таким образом погашать неустойки.
+ Поставщик может изменить вид ОИК, тогда механизм удержания из ОИК изменяется.