Так, заканчиваем путаницу. Если в контракте предусмотрено,что сумма контракта может быть уменьшена на пени, претензия выставлена, поставщик ответил,что согласен на уменьшение цены, то ждать никого и ничего не нужно. Оплачивайте цену контракта за минусом пени.