Все зависит от бизнес-задачач. По поему опыту: либо 1й вариант, либо начинать потихоньку переписывать сверху-вниз (начиная с рефакторинга вьюшек). Лучше всего - когда есть задача доработать какаие-то экраны, параллельно с этим можно сделать мини-рефакторинг этой части (скажем разделить монстроподобный активити на View-Presenter). Потом уже бизнес логику из презентера выносить в интеракторы/менеджеры, и т.д. Что-то более жесткое делать может обернуться тем, что все сломается и заказчик будет несколько недоволен.