Однозначно в зашифрованном виде будет храниться. Как и музыка на компакт диске тоже зашифрована и без декодирования не воспроизводится. (и место меньше на хранение нужно). Шифрование-расшифровка (кодек) будет идти на стороне программы-клиента. Но все программы опенсорс предполагают открытие кода и кодек в тайне не останется. Зная кодек можно использовать данные и общедоступность, в этом случае - это возможность использовать другим программам-клиентам (закрытым) в своих интересах их, зная кодек.
Кодек - это просто алгоритм сжатия. Всё сжатое кодеками может читаться кем угодно. Когда я говорю про шифрование, то говорю не о сжатии, а о криптографии. Самая традиционная криптография работает на паре закрытый-открытый ключ. Я как пользователь сообщаю свои открытые ключи всей сети, и с помощью них кто угодно (dapps-ы в нашем случае) могут зашифровать любую информацию «для меня». Но прочесть её кроме отправителя (он знает просто по своей истории) и меня никто не сможет, так как закрытый ключ остаётся только у меня. Для остальных внешних наблюдателей данные общедоступны, но нечитаемы. Пример реализации - PGP, специально для передачи секретных данных по открытым общедоступным каналам и базам данных.