Если тот или иной показатель неприменим, это, разумеется, надо указать.
В Вашем случае обосновать эту неприменимость может как раз работник бухгалтерии. Именно для этих целей в некоторых заметках по тематике КИИ предлагалось таких работников включать в состав комиссии (например, тут:
https://t.me/bureaucraticsecurity/65). Скорее всего Вам так и придётся писать, что "показатель неприменим в ввиду того, что прекращение или нарушение функционирования рассматриваемого объекта КИИ не влияет на размер отчислений в федеральный бюджет, бюджеты субъектов и иные внебюджетные фонды".