Реализация 187-ФЗ не отменяет реализацию других законов и НПА, т.е. если у Вас ГИС, то защищаете ее, в первую очередь, по 17 приказу, а потом смотрите на 187-ФЗ. Аналогично работаете и с ПДн.
Думаю, корректней было бы одновременно (терминология регулятора: "выполнение приказа № 17 с учётом требований 239-го"). Т.е., например, проводить аттестационные испытания, но не только 13 мер 17-го приказа, а всех мер 239-го