Сергей Сергеевич
Дмитрий,есть федеральная ИС ,есть организация которая работает в ней и соответственно тех,средства обработки,по Вашему как я понимаю ,организация будет являться собственником ФИС?)
Оператором. Там много разных частных случаев.
Чаще всего достаточно посмотреть нормативный акт федерального ведомства, на основании которого создается система. В общем случае субъектом КИИ в случае такой ГИС будет организация, которой или явно поручено осуществлять эксплуатацию, или, если такого поручения нет, которой поручено систему создать.