А где это прописано, на какой документ можно сослаться ?
В этом вопросе часто возникает путаница.
В ПДД есть норма - владелец ТС обящан проходить техосмотр его тезосмотр. Эта обязанность возникла в момент принятия ПДД. Но порядок, периодичность и сроки прохождения техосмотра устанавливаются другими нормами.
Так же и тут. ФЗ-187 установил обязанность создать систему защиты ЗРКИИ, и эта обязанность возникла в момент вступления закона в силу. Но требования к ней и срокам устанавливаются ее создания устанавливаются другими нормами, например - приказом ФСТЭК #235. А там говорится, что сроки определяет сам субъект в рамка ежегодного планирования.
Т.е., если из-за отсутствия системы защиты произойдет инцидент, субъект за это ответит - обязанность он не исполнил. Но само по себе отсутствие системы защиты к моменту вступления закона в силу правонарушением не является.