позиция концевиков вроде правильная, в коментах конфига есть расшифровка:
// Direction of endstops when homing; 1=MAX, -1=MIN
а вот направление движения - верное? что в этом разделе:
//
@section machine
// Invert the stepper direction. Change (or reverse the motor connector) if an axis goes the wrong way.
#define INVERT_X_DIR false
#define INVERT_Y_DIR false
#define INVERT_Z_DIR true