Я прост такой посмотрел на doxygen, и нашёл его офигительным для всего, кроме биндингов. Он отлично парсит сишный код, автоматом пихает имена методов и делает ещё кучу всяких штук. Но вот только в биндинге — нужно писать документацию по клиентскому языку.