Открою очень страшную тайну: всякие Qt/Tk — тоже далеко не очень нативные. И как правило, они просто маскируются под текущую ось. Если тебе не нужно маскироваться — отлично. Если нужно — ну щито поделать.
Если очень хочется прям Нативности С Большой Буквы — есть winapi : ) Вот уже готовый ffi-биндинг для луажыта: https://luapower.com/winapi Не кроссплатформа, да.
А я бы, если бы умел в Го, попробовал Sciter. Хотя можно и без Го, там Андрей вместо JS свой TIScript запилил. А в остальном HTML и CSS. И да, там тоже только либу прицепить и все.
Вот из старого нашел, чот больше ничего не ищется.