Ну в случаи с накаткой CU, я же могу подготовить схему в рутовом домене, а потом начать накатывать с дочерних. Так жеж?
Можете, и так правильнее. Если у вас отдельная УЗ для управления схемой и AD. Порядок установки далее не важен, если это отдельно не оговорено в описании к CU, как в случае изменений с работой адресной книги несколько лет назад. В последних CU такой специфики нет.