Вообще, цены (и даже как будет браться оплата - зонально, или покилометрово) в нынешней РФ устанавливает регион, из-за чего при проезде «между регионами» стали появляться лишние зоны.
Но с Москва - МО отдельная история: по логике тариф должен складываться как «стоимость билета по Москве» + «зональная стоимость проезда по области». Так пытались делать в эпоху «42,50», но вой поднялся такой, что быстро откатились к тому что сейчас: при поездке Москва-МО тариф считается по областному зональному тарифу с нулевой 5километровой зоной, а при проезде между двумя внутримосковскими (без учета Зеленограда и Новой Москвы) - по московскому