думаю, если бы там что-то поменяли с целью привести его к виду, при котором он получит льготы на проезд по платнику, в первую очередь он бы получил новый номер. поскольку у старого номера уже нехорошая история, включая судебный отказ.
при дальнейшем рассмотрении обращали бы внимание, что суд счел его недостойным льгот, так что будь аэроэкспрессу это сильно нужно, он бы получил другой номер, согласовав в дептрансе, какой-нибудь 9555, и пытался с чистого листа