Так-то можно (я так понимаю, на тот же хост, где и сервер заббикса живёт, чтобы не менять настройки заббикс агента на наблюдаемых хостах). Но тогда придётся в заббикс сервере указывать, что узлы подключены через прокси (на время работ с базой), а потом менять обратно. Узлов много.
Ну вообще, да, это всё не так быстро. Наверное как-то так:
1. Вводить прокси, переключать на них хосты. Включать буфер на прокси, чтобы хранили данные уже переданные на сервер
2. Ждать пока сбор пойдёт через прокси
3. Дамп и рестор на тест
4. ALTER TABLE на тесте
5. Выключать основной сервер, наливать сконвертированную базу.
6. И вот тут я не знаю, передадут ли прокси историю или нужно это делать вручную.