Как по мне, так главное преимущество - это отсутствие строковых констант в отличии от native query. В будущем меняя схему БД, легко можно понять, на что это изменение аффектает. И для этого необязательно помнить, где что могло использоваться.
Но если нужен простой круд, без сложных запросов и без динамического построения запросов, то jpa будет проще использовать.