Ок. Для корректной работы нужно настроить server.xml (proxy*), обеспечить доступность Jira через "балансер" к самой себе по протоколу, которым пользуются клиенты (Jira будет отправлять запросы к самой себе так же, как они), прописать в baseUrl внешний адрес Jira (тот, которым клиенты пользуются)