Я не понимаю, у вас человеческий конфиг, но затык как от микроволновки. Дополнительная прослойка в виде lxc не может давать такой ботлнек, может, но не такой. С остановленным плоттингом производительность штатная? Контроллер в этой же машине же, верно? Вероятно, перегружаете/недогружаете по процессору/памяти, или диски складываются от такого иопс