У нас есть наработки на эту тему: квоты, max_memory_usage_for_user, max_threads, priority, max_execution_time, min_execution_speed, force_primary_key и т. п.
И постоянно нужно больше способов что-нибудь как-нибудь ограничивать.
У нас приоритизация запросов от разных видов пользователей - очень актуальная проблема.
Вплоть до того, что хочется определять, что если запрос задан по крону или в бесконечном цикле из скрипта, то лучше его выполнять не особо при этом торопясь. Но такого не сделано.