Откуда ты знаешь? Наверняка, твоя GUI-либа объявляет свою собственную такую, где-то в потрохах. Она и дёргается. Между запуском из терминала и запуском кликом разницы нет, просто во втором нельзя параметры приложить, ну и еще программа может вручную выяснить соединена ли она с потоками ввода/вывода.