Текст в БД лежит, транскрипция в БД лежит, ты достаёшь текст из бд, находишь отмеченные (видимо вручную) слова, снова обращаешься к БД, находишь транскрипцию слов, снова возвращаешься к тексту, вклеиваешь слова в текст, шлешь юзеру.
И так каждый раз когда кто-то открывает статью.