ну в смысле нет? wasm это набор инструкций, конечно, их можно генерить динамически. есть разные окружения для запуска: интерпретатор wasmtime, генератор машинного кода из wasm cranelift, JS API в браузере — для любого из них можно включить динамическую генерацию wasm-модулей
Можно сгенерировать новый модуль, но можно ли дать ему на обработку память старого модуля? Хотя наверное можно, если в новом модуле будет простая функция, которая не вызывает никакие другие функции, не управляет памятью и не имеет даже сишного рантайма...