Допустим, иероглиф 水 есть в русском языке, тогда кунное чтение у него будет «вод(а)», а онные — «аква» и «гидр». Конечно, если ты не знаешь слова «аквапарк», «аквариум», то тебе не нужно чтение «аква», если ты не знаешь слова «гидравлика», «гидроген» — тебе не нужно чтение «гидр». Но если ты выучишь слова «水парк» и «水авлика» (а в другом слове вообще используется кунное чтение: «水оём»), и встретив каждое такое слово, ты запомнишь, что в таком-то слове иероглиф читается так-то, в другом — вот так.
Онных чтений в этом условном «русском иероглифе» несколько, потому что «аква» — заимствование из латыни, а «гидр» — из греческого. В японском же онные чтения разные, потому что заимствовались в разные эпохи и из разных частей Китая, так что считай тоже из «разных языков» (есть также придуманные в Японии онные чтения для удобства), потому и в словах используются разные онные чтения, и потому учить нужно именно сами слова, чтобы знать, где и как читать
Это лучшее объяснение, которое я когда-либо слышал