если потом набо кудато файл отдать допусти или еще что то то удобнее работать с дампом а не структурой всего мускула с кучей файлов и папок
в общем, так или иначе.
на мой вкус ты делаешь неправильно и не понимаешь работу инструмента.
но если тебе нужно сделать так, как ты хочешь - пишешь в cmd скриптец, который инициализирует базу, потом через какой-либо инит запускает базу
в случае стопа - вызывает дамп базы обратно в файлик и убивает процесс базы
на мой вкус это бред, но реализовать можно.