"Изменение папки в контейнере происходит только после первого запуска" - ради этой информации . "Изменение папки" - Редактировал дерикторию/файл на хосте , эти изменения сохранились в контейнере
и так перефразирую твою проблему, ты прокинул файл в докер, зашел в докер и изменил его, файл на хостовой системе не изменился, а в докере изменился?