организовано через некоторое количество аццкого кода. А именно -- при сохранении проверяется наличие хотя бы одного TODO. Если есть, ставится filetag project. Если нету тудушек, тег убирается. Во-вторых если есть тег project или agenda (а-ля липкий project), файл добавляется в агенду, иначе убирается.