С программистом на строне 1С надо договариваться, как он их будет забирать. Бывает, что csv/escel. Бывает, что xml/yml. А бывает, что можно на самом сайте какой-нибудь xml-шлюз сделать, и он оттуда сам будет забирать их.
От логики заказчика зависит. По сути - да (или как говорили выше - файлик скачивать и 1С подсовывать). А как именно и в какой момент - это уже обсуждать надо с теми, кто 1С конфигурит.
Там еще надо учесть, что в заказах есть персональные данные пользователей и просто так файл в открытом доступе на сайт вывешивать нельзя. То есть надо либо только с определенных ip разрешать, либо только после авторизации в админке допускать.