а в чём собственно вопрос, не совсем понимаю, как сделать скрол в прототипе? обернуть все во фрейм и поджать его под нужный размер а в прототипе выставить вертикальный скрол.
Прототип будут смотреть на разных компьютерах, на каких-то оно влазит без скролла по высоте, где-то не влезет, там должен быть скролл.
Да вроде без всяких фреймов раньше это делал...