Понимаю конфа громоздкая но было такое же дело с УТшкой и тогда ребята из френча настроили таким образом что стали заходить намного быстрее и только после захода система просить подождать чтоб загрузить или кешировать необходимые ресурсы
Самое простое тут сравнить типовую УТ с той доработанной, посмотреть, что они допилили и перенести в ERP. Второй вариан, запусти в конфигураторе Отладка - Замер производительности, зайди в базу ERP и сразу выйди, при попадании в конфигуратор тебе будет показаны все вызовы процедур и модулей, в самом верху будут самые затратные по времени. Их и оптимизируй потом сам.