Проблемы зачастую не сколько с EDT, сколько с платформой. Еще добавляет проблем разница форматов. Если из конфигуратора выгрузить объекты конфигурации в файлы xml, то они отличаются от файлов проекта EDT. Мне кажется, в итоге будет перезапуск платформы, а мы тестируем саму среду разработки.