почти так, каждая папка может имеет свой набор опций, те свой package.json. Единственная беда, я не знаю как удобно использовать код, общий (или может понадобиться) для всех модулей. Выносить еще в отдельно? А если ссылаться внутрь другого модуля, как это собирать?
если каждая папка имеет свой package.json - значит, каждая из них вполне себе способна быть отдельным репозиторием. ну или, по крайней мере, твой модуль с общим кодом. где хостится это все моно-добро? если какой-нибудь self-hosted gitlab, то в package.json такая запись
utils: git+ssh://git@gitlab.some.some:utils/#commit hash.
ну, у нас это так. как правильно это делать в мире моно-репозиториев я вообще хз, никогда не занимался таким