вот в таком случае сложнее
вроде кто-то говорил, что можно для этого использовать симлинки
еще можно настроить скрипты для разработчиков, которые будут синхронизировать репозиторий с движком по необходимым правилам
тут нужно смотреть что именно хочется сделать и от каких проблем хочется при этом защититься