Никто и не банит, я пробовал NI в своих кейсах, пока отложил изза вопросов производительности и скорости компиляции.
Для меня очевидно что NI нужен для cloud apps, быстрого старта, меньшего потребления памяти, для вас - как единый бинарь, ОК.
Из собственной практики - один файл или несколько не решают абсоютно ничего, в деплой скрипте будет на 1-2 строчки больше.