Я так понял "uploads: false", отключает GraphQLUpload из apollo-server-core, а graphql-upload через graphqlUploadExpress активирует GraphQLUpload в graphql-upload
Вообще сильно зависит от проекта и конкретных принимаемых в нем решений, но если в общем виде говорить, то да, любые решения для передачи бинарных данных через graphql не очень эффективные как с точки зрения производительности, так и с точки зрения нагрузки сети.
Это насколько мне известно. Может кто из чата поправит
Увы, этот код генератор не подходит под все технические стеки, ибо плагины пишутся разными людьми и нагенеренный результат получается разной степени паршивости