это как типа есть CUDA ядра у Nvidia. Эти ядра проприетарны, специально под них пишутся драйвера и спец. софт. Ты как разработчик программы можешь придумать охрененно эффективный алгоритм, но придётся переписать его под CUDA чтобы он выполнял свою задачу наиболее эффективно в железе. С ФПГА можно наоборот заточить железку под твой алгоритм