Структура, возможно. Но речь ещё и об удобстве использования. Возможно, мне не попадалась грамотно сделанная Jira
Да, базовая JIRA вряд ли подойдёт, как TMS тул, а некоторые плагины (тот же Zephyr) тоже не блещут юзабилити. Но в принципе, всё что может TestLink реализуемо и с Jira (+плагины). Из того что пробовал, больше всего понравился Structure + Structure.Testy