План-то простой.
1) Вносим в требования по закупке оборудования поддержку линукс.
2) Переводим несколько рабочих мест с наиболее простым функционалом. Например обработка входящей электронной почты. (Этот процесс так и просится на линукс, из-за устойчивости последнего к вирусам и троянам.)
3) Для начала либо используем локальные учетные записи, либо AD.
4) Далее проводим ревизию ИС в части совместимости с «замещающим» ПО, очень часто проблема оказывается даже не в ОС, а в офисном ПО.
5) «Отвязываем» ИС.
6) Доводим долю рабочих станций до 20-30%, внедряем отдельный домен для них.
7) Постепенно доводим долю до 80%.
8) Отказываемся от AD.
9) выясняем что у нас НИИ и кроме офисного ПО есть ещё и САПР и подобное, которое под линуксом так просто не заработает 10) внезапно оказывается, что в качестве СУБД использовался MS SQL и как все это перенести в линуксовые SQL никто не знает...