1. Да, ОС это Линух. А чем он плох? Да, это опенсорс, но в чем это плохо, с учетом того, что это опенсорс? Смысл в том, чтоб не зависеть от поставщиков, которые в любой момент могут прекратить отгружать обновления (AIX, Solaris, Windows). С опенсорсом это не так страшно, пока есть доступ к исходным кодам.
2. Надо ли создавать свою ОС? Кто должен финансировать эти работы?
3. Если ПО и ОС рекомендуется вышестоящими организациями, то они и отвечают за работоспособность. И насколько я знаю, откровенно сырое и неработоспособное ПО они не предлагают.