В mongodb самые большие проблемы возникают, когда вам надо часто доставать данные из связанных коллекций
В crm данные, скорее всего, очень хорошо ложатся как раз на реляционную модель, потому с монгой будет ооочень много проблем и никаких преимуществ монги вы не испытаете
Я советую postgresql, в нем при желании точно так же можно работать с json, например, где это прям очень нужно