Вот чтобы кто-то использовал контейнер ноду совсем чистую - и ничего ничего из библиотек и npm - это наверно очень маловероятно.. И практически все используют готовые криптобиблиотеки типа Botan, Openssl. Bcrypt - он на openssl.
npm идет в любом образе ноды, так как это по сути зависимость самой ноды, а вот насчет сторонних библиотек могут быть разные требования, все-таки приятнее когда у тебя собраный image весит 80мб вместо 900