Тимур, а вот в NodejsStarterKit/lib/server.js на каждый коннекшн создается setTimeout, Может в классе Server сделать метод loop который возьмет на себя функцию общего (одного для всего инстанса) таймера и уже там манипулировать clients?
Раньше это решалось при момощи внутреннего недокументированного API enroll/unenroll, в ноде, у меня даже лекция была об этом где-то. Но теперь не нужно париться, я забыл сказать, но в последних версиях ноды есть хорошие оптимизации, когда вы создаете тысячи таймеров, на самом деле будет создаваться на порядок меньше.