Когда кремнилогия даёт сбои: Ковалёв уволен. Его место занял Владимир Путин. В его назначении ничего удивительного нет. По большому счету, у Кремля просто не было выбора. Во время парламентских и особенно президентских выборов в кресле директора ФСБ, с точки зрения Кремля, должен находиться безусловно преданный президенту человек, желательно с чекистским прошлым.
Путин, в 1991 году уволившийся из органов в звании подполковника, был единственным, кто удовлетворял обоим этим требованиям. За два года работы в Кремле — заместителем управляющего делами президента, начальником Главного контрольного управления и первым заместителем главы администрации — он смог сработаться с такими разными и даже порой боровшимися друг с другом людьми, как Павел Бородин, Анатолий Чубайс и Валентин Юмашев.
Но главное в том, что в любом конфликте Путин неизменно принимал сторону того, кого поддерживала «семья». Путин сумел убедить Ельцина в своей верности.
Однако безграничное доверие президента новому директору ФСБ вряд ли поможет. Ведь Путин не сможет ни заставить ведомство работать эффективно, ни даже остановить его дальнейшее разложение — просто потому, что повышение эффективности службы безопасности требует огромных финансовых затрат. А государство на них не готово — у него просто нет денег.
Потому неудивительно, что сотрудники ФСБ, прежде настороженно относившиеся к смене руководства, на этот раз в большинстве своем отреагировали на отставку Ковалева спокойно: «Ну и что? Был Ковалёв, теперь будет Путин. Какая разница?» (Газета «Коммерсантъ», 1998).